अंदर का दृश्य: आणविक गतिकी

यह बॉक्स आणविक गतिकी चलाता है: हर परमाणु के लिए न्यूटन के नियम, छोटे-छोटे समय-चरणों में। बल लेनार्ड-जोन्स विभव से आता है

U(r) = 4ε [ (σ/r)¹² − (σ/r)⁶ ]

r⁻¹² पद एक तीखी दीवार है (परमाणु एक-दूसरे के अंदर नहीं जा सकते); r⁻⁶ पद कमज़ोर वान डर वाल्स आकर्षण है। न्यूनतम r = 2^(1/6) σ ≈ 1.12 σ पर होता है, जिसकी गहराई ε है। ε/k_B ≈ 120 K और σ ≈ 0.34 nm के साथ, यह आर्गन का अच्छा वर्णन करता है।

हर चरण में velocity Verlet का उपयोग होता है: बल से वेगों में आधा बदलाव करो, परमाणुओं को आगे बढ़ाओ, बलों को फिर से गणना करो और दोबारा आधा बदलाव करो। लंबे समय तक चलाने पर यह ऊर्जा को बहुत अच्छी तरह संरक्षित करता है, इसलिए लगभग हर MD कोड इसका उपयोग करता है। लक्ष्य तापमान बनाए रखने के लिए एक थर्मोस्टैट वेगों को धीरे से फिर से मापता है।

रेडियल वितरण फलन g(r) इस प्रश्न का उत्तर देता है: एक परमाणु पर खड़े होकर, किसी समान गैस की तुलना में दूरी r पर दूसरा परमाणु मिलने की संभावना कितनी अधिक है? क्रिस्टल में उसकी जाली की दूरियों पर तीखे शिखर दिखाई देते हैं; द्रव में एक मजबूत शिखर, कुछ धीरे-धीरे मिटती लहरें और फिर 1 दिखाई देता है; दीवार से आगे गैस हर जगह 1 के करीब होती है।