มุมมองภายใน: พลศาสตร์ระดับโมเลกุล

กล่องนี้จำลอง พลศาสตร์โมเลกุล: ใช้กฎของนิวตันกับอะตอมทุกอะตอม โดยแบ่งเวลาเป็นช่วงสั้น ๆ แรงคำนวณจากศักย์เลนนาร์ด-โจนส์

U(r) = 4ε [ (σ/r)¹² − (σ/r)⁶ ]

พจน์ r⁻¹² เป็นกำแพงที่ชันมาก (อะตอมจึงซ้อนทับกันไม่ได้) ส่วนพจน์ r⁻⁶ คือแรงดึงดูดแบบแวนเดอร์วาลส์ที่อ่อน จุดต่ำสุดอยู่ที่ r = 2^(1/6) σ ≈ 1.12 σ โดยมีความลึก ε เมื่อ ε/k_B ≈ 120 K และ σ ≈ 0.34 nm ค่านี้จะอธิบายอาร์กอนได้ดี

แต่ละขั้นใช้ velocity Verlet: เพิ่มความเร็วครึ่งหนึ่งด้วยแรง เคลื่อนอะตอม คำนวณแรงใหม่ แล้วเพิ่มความเร็วอีกครึ่งหนึ่ง วิธีนี้อนุรักษ์พลังงานได้ดีมากเมื่อจำลองเป็นเวลานาน จึงมีโค้ด MD แทบทุกตัวใช้วิธีนี้ เทอร์โมสแตต จะปรับอัตราเร็วอย่างนุ่มนวลเพื่อรักษาอุณหภูมิเป้าหมาย

ฟังก์ชันการกระจายตัวตามแนวรัศมี g(r) ตอบคำถามว่า: ถ้ายืนอยู่บนอะตอมหนึ่ง เรามีโอกาสพบอะตอมอีกอะตอมที่ระยะทาง r มากกว่าในแก๊สที่กระจายตัวสม่ำเสมอเท่าไร ผลึกจะให้ยอดคลื่นแหลมคมที่ระยะห่างตามโครงผลึก ของเหลวจะให้ยอดคลื่นเด่นหนึ่งยอด ตามด้วยระลอกคลื่นที่ค่อย ๆ จางลง แล้วจึงเข้าใกล้ 1 ส่วนแก๊สจะมีค่าใกล้ 1 เกือบทุกจุดที่อยู่นอกกำแพง